Klöster besaßen folgende Orden: Augustiner, Barmherzige Brüder, Franziskaner, Hieronymitaner, Kapuziner, Karmeliter, Paulaner und Theatiner. Ferner: Klarissinnen, Salesianerinnen, Servitinnen, Paulanerinnen, Karmeliterinnen, Elisabethinerinnen, das Püttrich- und Ridler-Regelhaus, das Nonnenkloster auf dem Lilienberg, die Englischen Fräulein und die Nonnen de notre Dame.
Welcher großen Fürsorge und Unterstützung sich die Klöster und Kirchen in München von Seiten der Herzoge und Kurfürsten zu erfreuen hatten, das ist schon früher an verschiedenen Orten betont worden, trotzdem ließ aber die Zucht an diesen geweihten Stätten oft mehr als Alles zu wünschen übrig. In einem älteren Berichte heißt es darüber: "Im 15. Jahrhundert war es Abt Konrad V. (Airenschmalz) von Tegernsee, der sich um die Verbesserung der arg verlotterten Klosterzucht in München große Verdienste erwarb. Reich an Erfahrung und von einem durchaus reinen Lebenswandel hatte er das volle Vertrauen Herzog Albrechts III. sich erworben und erhielt von diesem im Jahre 1448 den Auftrag, in allen Münchener Klöstern genaue Untersuchung anzustellen. In Folge derselben kam so viel Ungebührliches zu Tage, daß der Herzog sich veranlaßt sah, mit aller Strenge einzuschreiten. So vertrieb er die Minoriten ganz aus ihrem Kloster und übergab dieses den Franziskanern. Und so gefürchtet war der Abt Konrad Airenschmalz, daß alsbald nach Beginn der im Augustinerkloster angestellten Untersuchung alle Mönche desselben sich aus dem Staube machten, so daß nach drei Tagen kein einziger mehr im Kloster zu finden war. Auch im Kloster zum hl. Jakob auf dem Anger, in dem sich damals Nonnen des III. Ordens aus dem Püttrich-Regelhause befanden, sah es so sehr schlimm aus, daß sie den Auftrag erhielten, Kloster und Stadt zu räumen. Und es wäre auch dabei geblieben, hätte nicht der Bischof zu Freising bei dem Herzoge warme Fürsprache eingelegt und hätten die Nonnen selber nicht reumüthig Buße und Besserung gelobt."
In diesem Angerkloster, das später den Klarissinnen eingeräumt worden war, spielte sich im 18. Jahrhundert eine andere häßliche Geschichte ab, die seiner Zeit ungeheures Aufsehen erregte und vielfach in Romanen verwerthet wurde (darunter auch von Hermann Schmid in seinem kulturhistorischen Romane "Im Morgenroth"). Regnet schildert das Vorkommniß auf Grund der aktenmäßigen Belege folgendermaßen: "Im Jahre 1749 trat eine Wundarztenstochter, Maria Baumann von Hornstein bei Scheyern, als Novize in das Kloster, wo sie sich ihrer Jugend und Schönheit halber vorerst der Gunst des Klosterbeichtvaters P. Olympius vom Orden des hl. Franziskus zu erfreuen hatte. Sie verscherzte dieselbe aber bald durch ihre Sprödigkeit und wurde nun auf sein Anstiften vielfach verfolgt und mißhandelt. Ein Versuch, ihre Eltern über ihre Lage aufzuklären, mißlang, ebenso ein Fluchtversuch, da sie die Halmberger'schen Metzgerseheleute, die Nachbarn der Nonnen, wieder an das Kloster auslieferten. Umsonst schritt der Weihbischof von Freising, Freiherr von Werdenstein, zu ihren Gunsten ein. Sobald dieser München wieder verlassen, wurde die unglückliche Magdalena auf des Beichtvaters Anstiften zu lebenslänglicher Einkerkerung verurtheilt. Der Kerker bestand aus einem kleinen finsteren Loche, das Lager aus Stroh. An beiden Füßen waren ihr schwere Ketten befestigt, die wieder an den Fußboden angeschlossen waren. - Später wurde sie in einen anderen Kerker gebracht und dort fand sie eine andere